L’archivio parrocchiale della chiesa matrice conserva una grande quantità di documenti.
I lavori di riordino e schedatura del materiale archivistico, proveniente anche da altre istituzioni religiose del territorio modugnese, ha permesso di catalogare i documenti e di effettuare ricognizioni sugli inventari storici esistenti. L’archivio era conservato all’interno di faldoni, il contenuto dei quali non sempre corrispondeva con le annotazioni.
Fra i documenti conservati, assume notevole rilievo la corrispondenza di Bona Sforza con il Capitolo, il clero ed i suoi ufficiali di Modugno, da cui provengono importanti testimonianze sui problemi di amministrazione della giustizia e della vita cittadina in età rinascimentale.
Le oltre 90 pergamene custodite nell’archivio, databili dal 1411 al Settecento, riguardano essenzialmente contratti e rogiti notarili. Di notevole importanza per la storia della chiesa e ricchi di informazioni sugli argomenti più disparati sono i documenti redatti, in occasioni delle visite pastorali, dal 1513 al 1963.
Altri documenti di importante valore storico e storiografico sono gli atti rogati da ben otto notai che hanno lavorato a Modugno tra il Cinquecento e il Settecento.